Die voraussichtlichen Stilllegungs- und Entsorgungskosten werden alle fünf Jahre von swissnuclear im Auftrag der Betreiber neu berechnet und mittels einer ausführlichen Kostenstudie erarbeitet. Sollten unvorhergesehene Umstände eine wesentliche Änderung der Kosten erwarten lassen, kann eine Neuberechnung auch schon vor Ablauf dieser Fünfjahresfrist vorgenommen werden.
Die Kosten werden gestützt auf die Stilllegungsplanungen, das vom Bundesrat genehmigte Entsorgungsprogramm der Nationalen Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle Nagra, aktuelle technische-wissenschaftliche Erkenntnisse sowie die im Zeitpunkt der Berechnung gültigen Preise ermittelt. Damit wird sichergestellt, dass neue Erkenntnisse beispielsweise im Zusammenhang mit der Stilllegung von Kernkraftwerken im In- und Ausland oder aus dem Berg- und Tunnelbau für den Bau geologischer Tiefenlager berücksichtigt und die entsprechenden Kostenprognosen alle fünf Jahre aktualisiert werden.
Die Kostenstudie wird bei STENFO und dem Eidgenössischen Nuklearsicherheitsinspektorat ENSI eingereicht. In der Folge überprüft das ENSI die Kostenstudie in Bezug auf die für die Sicherheit relevanten Aspekte und erstellt den Sicherheitsbericht. Unter Leitung des Kostenkomitees wiederum überprüfen unabhängige, internationale Experten die Kostenstudie in Bezug auf die Kostenberechnung, worauf das Kostenkomitee seinen Prüfbericht erstellt. Im Anschluss gibt das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK eine Stellungnahme zur Kostenstudie und zum Prüfbericht ab. Schliesslich legt die Verwaltungskommission gestützt auf die Kostenstudie, den Sicherheitsbericht, den Prüfbericht sowie in Kenntnis der Stellungnahme des UVEK die voraussichtliche Höhe der Stilllegungs- und Entsorgungskosten für jede Kernanlage fest.